La rivière prend sa source au fond de la reculée de Ladoye-sur-Seille puis traverse le vignoble jurassien en arrosant Nevy-sur-Seille, Voiteur, Arlay avant d'atteindre la plaine agricole de Bletterans puis Louhans-Châteaurenaud et la Bresse, en Saône-et-Loire, pour rejoindre enfin la Saône à La Truchère, à quelques kilomètres au sud de Tournus.

Quelques kilomètres avant son embouchure (Basse Seille), elle forme un réseau d'étangs, de dunes et de tourbières de 3 047 hectares, abritant un grand nombre d'oiseaux migrateurs, dont des espèces menacées et des espèces végétales rares.

La Seille, longue de 100 kilomètres, est dans sa partie supérieure une tranquille rivière à truites qui déborde parfois de son lit au printemps. Son cours inférieur, soumis lui aussi à des crues importantes, est navigable sur 39 kilomètres de la Truchère à la Place de la Libération à Louhans-Châteaurenaud, partie très fréquentée par le tourisme fluviale.

Vous pouvez partir à la découverte du Pays de la Bresse Bourguignonne et naviguez sur la Seille et sur la Saône en louant un bateau à Louhans-Châteaurenaud.