La rivière prend sa source au fond de la reculée de Ladoye-sur-Seille puis traverse le vignoble jurassien en arrosant Nevy-sur-Seille, Voiteur, Arlay avant d'atteindre la plaine agricole de Bletterans puis Louhans-Châteaurenaud et la Bresse, en Saône-et-Loire, pour rejoindre enfin la Saône à La Truchère, à quelques kilomètres au sud de Tournus.

Quelques kilomètres avant son embouchure (Basse Seille), elle forme un réseau d'étangs, de dunes et de tourbières de 3 047 hectares, abritant un grand nombre d'oiseaux migrateurs, dont des espèces menacées et des espèces végétales rares.

La Seille, longue de 100 kilomètres, est dans sa partie supérieure une tranquille rivière à truites qui déborde parfois de son lit au printemps. Son cours inférieur, soumis lui aussi à des crues importantes, est navigable sur 39 kilomètres de la Truchère à la Place de la Libération à Louhans-Châteaurenaud, partie très fréquentée par le tourisme fluviale.

Vous pouvez partir à la découverte du Pays de la Bresse Bourguignonne et naviguez sur la Seille et sur la Saône en louant un bateau à Louhans-Châteaurenaud.

Il prend sa source à Verjon dans l'Ain (canton de Coligny) dans le Massif du Jura, département de l'Ain, près du lieu-dit le Moulin Neuf, à 230 mètres d'altitude.

La longueur du cours d'eau est de 61,6 km, il se jette dans la Seille à Louhans-Châteaurenaud en Saône-et-Loire au niveau du lieudit le pont de Bram.

Le départ de la balade verte se trouve à quelques mètres de ce pont, où vous trouverez un cheminement longeant le Solnan, parsemé de pupitres vous donnant toutes les informations sur la faune, la flore de ce dernier.

Prenant sa source à Revigny au fond d'une reculée, la Vallière possède un cours supérieur assez pentu avec de nombreux aménagements qui permettaient autrefois l'utilisation de la force motrice de l'eau.

La rivière traverse la ville de Lons-le-Saunier, préfecture du Jura (39). À l'aval de la commune après son passage sous le viaduc d'une ancienne voie ferrée, la rivière entre dans la vaste plaine bressane et sa pente se réduit notablement. Elle se jette dans le Solnan à Louhans-Châteaurenaud au niveau du quartier de Saugy.

Les pêcheurs apprécie cette rivière calme et sinueuse.